Az Apple Corps, a Magical Mystery Tour melléfogása, a Beatles-telen Yellow Submarine ellenére is többnyire egy bizonyos személyt hibáztattak a zenekar széteséséért. Nem John volt az, nem is Paul, George vagy Ringo, hanem egy törékeny japán avantgárd művészt, Yoko Onót.

John először 1966-ban figyelt fel rá, a divatos londoni West Enden, az Indica galériában, ahol Yoko Befejezetlen festmények és tárgyak című kiállítását mutatta be. Két éven át tartották a kapcsolatot, s John egyre inkább vonzódott hozzá. Yoko volt az első, aki megértette „elvont” ötleteit.

John mindig is másnak érezte magát, de csak a Beatlesen belül fejezhette ki különleges érzelmeit. Új, hevesen független és vadul képzeletgazdag erő került most az életébe, aki nemcsak mint Paul McCartney másodpilótájára, hanem mint önálló művészre tekintett rá.

Johnt elsöpörte Yoko ötlet-forgószele, s 1968-ra belátta, hogy most talált rá az igazi lelki társra. Régi barátai sajnos nem annyira örültek ennek a jó hírnek.

A zenekar visszatért a stúdióba, hogy felvegyék az Indiában írt új dalokat. Yoko jelen volt mindenütt, s ezzel megsértette az együttes belső szentségét. Paul és George sértőnek érezték jelenlétét. Brian Epstein és George Martin, akik jogosan érdemelték ki tiszteletüket, soha nem avatkoztak a Beatles zenéjébe, Yoko azonban egyfolytában tanácsokat suttogott John fülébe, kritizálta a munkájukat.

Cynthia Lennon, aki mindig csendesen állt férje árnyékában – s a korai időkben, amikor rossz reklámnak tartották, ha egy férfi popsztár nős, el is rejtőzött a nyilvánosság elől -, 1968 novemberében elvált Johntól.

Paul – rokonszenve jeleként – John elhidegült fiának, Julian Lennonnak ajánlott egy dalt. Bátorítás volt olyan időkre, amikor az élet végképp kilátástalannak látszik: ez a Hey Jude. 1968-ban a kislemezek általában nem voltak három percnél hosszabbak, úgyhogy újabb kihívás volt a dolgok megszokott rendje ellen, hogy a Beatles hét percnél hosszabb kislemezt adott ki.

A Hey Jude-ot hosszúsága miatt mellőzte a legtöbb rádióadó, de a Sergeant Pepper már bebizonyította, hogy a popdaloknak nem kell megmaradniuk hagyományos keretek között. A Beatles igazát is bebizonyította, hogy a Hey Jude a legnagyobb példányszámban eladott kislemezük lett.